سرپرست اداره‌کل میراث‌فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی استان اصفهان گفت:شکاف‌های شبستان و بنای گنبد خانه در ضلع غربی مسجد سید در حال بررسی است تا درکوتاه‌ترین زمانِ ممکن اقدام به رفع مشکلات آن شود. حمیدرضا محققیان اظهار داشت: با توجه به شرایط اضطراری مسجد تاریخی سید اصفهان و نیاز مبرم به مرمت آن، در طی یک هفته گذشته بازدیدی با حضور مسئولین استان و اداره‌کل از این بنای تاریخی انجام و چنین نتیجه‌گیری شد که به دلیل ضعف مدیریت در اداره این مسجد تاریخی، این مجموعه در خصوص مباحث مرمتی و حفاظتی نیازمند ورود این اداره‌کل است.
سرپرست اداره‌کل میراث‌فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی استان اصفهان ادامه داد: با توجه به بررسی‌های انجام‌شده، گروه مرمتگران اضطراری(امانی) با استقرار در این مجموعه تاریخی به این نتیجه رسیدند که پشت‌بام بنای گنبد خانه این مسجد نیازمند مرمت فوری است.
وی ادامه داد:گروه مرمتگران اضطراری اداره‌کل میراث‌فرهنگی، گردشگری و صنایع‌دستی استان اصفهان عملیات مرمت خود را که شامل اصلاح بندکشی‌ها و مرمت برخی شکاف‌هایی که در سقف ایجادشده بود را در کمتر از یک هفته به پایان رساندند.
محققیان گفت: همچنین اداره کل میراث فرهنگی اصفهان در حال بررسی سرپرستی این مجموعه تاریخی است.